はい、Notification Service Extensionは、Appと異なるBundleID及びProvisioning Profileを別途用意する必要があります。
また、Notification Service ExtensionのBundleIDはアプリ本体のBundleIDの後ろに Notification Service Extension名をつなげる必要があります。
例: アプリ本体のBundle IDがcom.example.myappの場合
Notification Service Extension名を myextension とした時、Notification Service ExtensionのBundle IDは com.example.myapp.myextension となります。
なお、XcodeでNotification Service Extensionを新規作成の場合は、デフォルトで com.example.myapp.myextension となります。
App :BundleID
Notification Service Extension :BundleID
