ユーザー体験が損なわれたと判断される場合、SEOに影響する可能性はあり得ます。
例えば、Webメッセージの表示をユーザーの行動を妨げるタイミングで行ったり、画面いっぱいのサイズのWebメッセージを表示したり、ユーザーに全く関係ないと思われるような内容のWebメッセージを表示することによって、ユーザー体験が損なわれた結果SEOに影響を及ぼす可能性はあり得ます。
よって、ユーザー体験を向上する施策を打てばSEOの影響は考えにくいですが、Repro でこれを保証することはできません。
その理由として、SEOはGoogleやBingなどの検索エンジンを運用する会社のアルゴリズムで判定され、その詳細情報は非公開のためです。例えばGoogleは、インタースティシャル広告と呼ばれるモバイルでの画面を覆うような広告の出し方は表示方法によってページランクに影響するという記事を公開しているものの、影響の程度に関する記載はありません。
https://developers.google.com/search/blog/2016/08/helping-users-easily-access-content-on
上記記事では、Googleが推奨するWebメッセージの表示方法についても記載されています。適切なWebメッセージの表示であればSEOに影響はしないと思われます。
Webメッセージの出し方について不安がある場合は、カスタマーサクセス担当にご相談ください。
また、ご不明点が他にある場合は、管理画面右下のチャットサポートまでご連絡ください。