cocos2d-xにおいて、セットで使用するアプリ内メッセージ用SDK APIをコールする箇所がC++とJavaで異なっても動作しますか？

問題ありません。動作します。

cocos2d-x にて、C++側で enableInAppMessagesOnForegroundTransition / showInAppMessage を実行し、Java側で disableInAppMessagesOnForegroundTransition / disableInAppMessage  を実行した場合でも、C++で実行されたメソッドはJava Native Interfaceを通じてJavaで実行されるため、動作するということになります。

アプリ内メッセージ用SDK APIは、SDKのバージョンによって使用するメソッドが異なります。
詳しくは、「アプリ起動時にスプラッシュスクリーンを表示したり画面遷移をしている場合」をご覧ください。