disableInAppMessageOnActive / enableInAppMessagesOnForegroundTransition で制御できるのは、メッセージ表示トリガーが「アプリ起動」の場合のみです。
それ以外のイベント等をメッセージ表示トリガーに設定した場合は、disableInAppMessageOnActive / enableInAppMessagesOnForegroundTransitionをコールしていなくても表示されます。
詳しくは、「アプリ起動時にスプラッシュスクリーンを表示したり画面遷移をしている場合」をご覧ください。