リッチ通知を行う場合、画像の指定にURLの指定とファイルアップロードのどちらがよいですか？

1.  URLを指定する場合
2. 画像を直接指定する場合

上記の配信方法による配信対象機種に違いはありません。

画像のダウンロード先がReproでの管理下か、お客さま管理下のサーバなどか指定されたURLかの違いとなりますので、URLを指定される場合はプッシュ通知が配信された時刻にアクセスが集中する可能性がありますので、サーバーのキャパシティに併せて判断ください。