プッシュ通知を既存のシステムとReproを併用する時、どのように導入すべきでしょうか？

iOS

App ID や BundleIDが作成されている場合、新たに発行する必要はありません。基本的には導入ドキュメントに沿って開発を進めてください。

参考：iOSのプッシュ通知導入

Android

Androidについても、アプリに対応するプロジェクトが設定されており、既存で使われているAPI Keyがある場合は、再発行する必要はありません。

参考：Androidのプッシュ通知導入

Unity / Cocos2d-x / Cordovaについても同様となります。