cocos2d-xにおいてdisableInAppMessage, showInAppMessageを呼ぶ箇所が違っても動作しますか？

問題ありません。動作します。

cocos2d-x にて、C++側で showInAppMessage()  を実行しJava側で disableInAppMessage  を実行した場合でも、C++で実行されたメソッドはJava Native Interfaceを通じてJavaで実行されるため、動作するということになります。