はい。可能です。
アプリバージョン情報を取得するAPIがiOS,Androidそれぞれのプラットフォームより提供されています。その情報を取得してReproのユーザープロフィールへセットします。
カスタムユーザープロフィールの設定方法
http://docs.repro.io/ja/dev/sdk/user-profile.html
そうすることで、ユーザープロフィールをアプリ内メッセージの配信対象に設定することで意図したバージョンのアプリを利用しているユーザーに配信することができます。
ただし、メッセージの配信はユーザー単位で実行され、アプリ内メッセージの表示は1ユーザーにつき１回表示されます。
そのため、稀なケースになりますが、１ユーザーで複数の端末を保有している場合、意図しないバージョンのアプリを利用した端末でアクセスするとアプリ内メッセージが表示されてしまう可能性があることご了承ください。